01.Fst

一般流程如下：

单点Fst：

Bash

vcftools --gzvcf XX.vcf.gz --weir-fst-pop Pop1 --weir-fst-pop Pop2 --out Fst --max-missing 0.9 --maf 0.05

--gzvcf 用于计算的VCF文件
--weir-fst-pop 用于计算的群体1个体列表 (每个个体名一行)
--weir-fst-pop 用于计算的群体2个体列表 (每个个体名一行)
--out 输出文件前缀
--max-missing 单个SNP的缺失情况（0完全缺失；1完全不缺失）
--maf 单个SNP的最小等位基因频率  (按实际情况选择是否添加)

窗口Fst：

Bash

vcftools --gzvcf XX.vcf.gz --weir-fst-pop Pop1 --weir-fst-pop Pop2 --fst-window-size 50000 --fst-window-step 10000 --out Fst-win --max-missing 0.9 --maf 0.05

--gzvcf 用于计算的VCF文件
--weir-fst-pop 用于计算的群体1个体列表 (每个个体名一行)
--weir-fst-pop 用于计算的群体2个体列表 (每个个体名一行)
--out 输出文件前缀
--max-missing 单个SNP的缺失情况（0完全缺失；1完全不缺失）
--maf 单个SNP的最小等位基因频率  (按实际情况选择是否添加)
--fst-window-size 50000 窗口大小
--fst-window-step 10000    步长大小

---

Last update: October 6, 2023
Created: October 6, 2023